На территории заповедника обнаружено большое число видов растений и животных, включенных в различные Красные книги. Пойма Суры относится к ключевой орнитологической территории международного значения ЧУ-002 "Присурье". На территории заповедника встречаются редкие виды птиц, включенные в Красную книгу России: орлан-белохвост, филин, змееяд и др. Заповедный режим территории и запрещение сплошных рубок леса способствуют успешному восстановлению лесной растительности в данном регионе за счет естественного лесовозобновления главных лесообразующих пород (сосны, ели, березы, осины и др.).

Эстетической привлекательностью Алатырского участка заповедника отличаются светлые сосновые боры на песчаных дюнах, поймы малых лесных рек и ручьев с обнажениями кварцевых песков и с сохранившейся типичной хвойно-широколиственной растительностью. На Батыревском и Яльчикском участках представлен уникальный для данной местности ландшафт луговых степей. Здесь представляется возможность ознакомиться с жизнью колонии сурка-байбака.

Общее число видов флоры сосудистых растений заповедника «Присурский» (2017) – 801 вид из 97 семейств, из них на Алатырском участке – 658 из 91 семейства, Батыревском – 267 из 42 семейств, Яльчикском – 395 видов из 54 семейств.

Заповедник является одним из базовых звеньев экологического каркаса Чувашии, играет существенную роль в поддержании экологического баланса территорий на юге Чувашской Республики. Особенно это касается Батыревского и Яльчикского участков, где сохраняются в условиях интенсивного антропогенного воздействия (сельское хозяйство) реликтовые участки одних из самых северных луговых степей в регионе. Безусловно, эти участки выступают центрами стабильности экосистем территории.